中国大陆民国时,中国曾拥有一流的16所教会大学,其中13所是基督新教教会大学,分别是燕京大学、齐鲁大学、圣约翰大学、沪江大学、金陵大学、金陵女子大学、东吴大学、之江大学、华中大学、福建协和大学、华南女子大学、华西协合大学、岭南大学；还有3所天主教教会大学为震旦大学、 辅仁大学、津沽大学。这16所教会大学遍布北京、济南、上海、南京、苏州、杭州、武汉、福州、广州、天津等中心城市,阵容强大。
这16所教会大学对中国现代文明的发展做出了巨大贡献。“到20世纪30年代,16所被公认为高等学校的教会大学招收了占全中国大学生总数的10%到15%的学生。”也就是说在近百年前,这16所教会大学培养了中国十分之一到六分之一的大学生。他们中还涌现了众多的杰出人才,许多人物在中国现代史上都能看到他们的身影。
然而中共建政后,这16所教会大学却迎来了厄运,被当成文化思想、教育领域的“西方势力”和“帝国主义侵华工具”遭到清算,在1952年的“院系调整”中全部被分拆被合并被撤销。
首先到来的是暴风骤雨般的“思想改造”政治运动。
“被告别”的并不只是燕京大学的老校长司徒雷登,而是所有基督教大学的校长,不仅就此离开了他们的舞台,而且被作为“肃清美帝国主义对我国文化教育侵略”的“活靶子”,被大加批判,进而彻底“批倒”、“批臭”。
当回到美国的燕京大学老校长司徒雷登中风倒在医院治疗时,他的接班人燕京大学陆志韦校长正在发生巨变的环境中,写作揭露“司徒雷登同反动势力勾结,把持燕大校政的历史”,但即使这样对老校长“反戈一击”的揭露都被主管当局视为“轻描淡写”,作为“中国基督教教会大学之首”的燕京大学与陆志韦校长,随后就被作为中国基督教大学进行“思想改造”的示范典型,迅速被推入暴风骤雨的改造中心,由此拉开对“旧社会知识分子改造”的经典一幕,以昭告天下,以推动其他大学的“思想改造”运动。
1952年1月,陆志韦被罗织有“五大罪状”,在“全校师生员工大会”上遭到“彻底地”、“无情地”批判和揭露其把持校政、忠实执行“美帝国主义文化侵略”的“罪行”。昔日的同事、教授、学生与员工,在有关组织安排下都化身为控诉的斗士,批判的最高潮是陆志韦信赖的三个人——燕大国文系主任高明凯（陆志韦多年亲手培养提拔的教授）、燕大英语系副教授吴兴华（陆志韦最为欣赏的人才）、燕大生物系学生陆瑶华（陆志韦的女儿）登台控诉。
一幕荒诞而在中国特殊的时代特别熟悉的场景登场了,陆志韦的女儿陆瑶华“义愤填膺”地在台上控诉到：“我现在要控诉我的父亲陆志韦,他如何蒙蔽我,使我在这次运动中丧失了人民立场,欺骗了群众……”
在众叛亲离的批判风暴中,陆志韦不仅没有任何辩解的机会,反而写了一份坦白书,向组织和群众坦白自己的“罪证”：“对美帝的文化侵略,我从前只看到片面,没有认识全貌……一切痛恨的我的罪都是应当的,我承认了我的罪……我要否定我的过去,我要重新做人,望群众继续帮助我……”
陆志韦被彻底“击垮”了,陪同他一起被批判的燕京大学知名教授张东荪（燕大哲学系教授）与赵紫宸（燕大宗教学院院长）也彻底被“击垮”了。
这一幕仿佛是10多年后文革的预演,直到那些批判他们的人们也被批判被“击垮”,没有人能从暴风骤雨般的“政治运动”中幸免于难。
紧随暴风骤雨般的“思想改造”运动之后,全国大学“院系调整”登场。此时,曾经沐浴欧风美雨的中国知识分子已经被“教育”和“改造”的在“欧美资产阶级思想意识残余”的“原罪”中瑟瑟发抖,默不作声,没有任何力量去抵制任何院系的调整了。
这场学习苏联经验的所谓大学“院系调整”运动,主要是加强工科,压缩文科,理科（纯自然科学）服从工科的需要,就在1952年在全国大规模的展开了。
就是在这样的“院系调整”中,民国16所基督教大学整体被分拆,被合并,从此消失于中国现代史,被遮蔽,被遗忘。
图：1926年的燕京大学校园
